Das Ökosystem Meer lässt sich in verschiedene Teilbereiche einordnen.
Das Wattenmeer liegt in der gemäßigten Klimazone. Das größte Wattenmeer liegt in der Nordsee. Es hat die Besonderheit, dass der Schlick sehr reich an Mineralien und organischen Stoffen ist. Dieser wird vor allem durch Winde und Flüsse vom Festland ins Meer getragen. Die organischen Stoffe sind vor allem Pflanzenreste und Ausscheidungen einiger Lebewesen. Dieser energiereiche Boden bildet die Nahrungsgrundlage für Detritus Detritus bezeichnet eine in Gewässern zerfallene organische Substanz fressende Tiere, also Muscheln, Würmer und Larven vieler Fischarten (Scholle, Hering und Seezunge). Die Larven sind durch ihren hohen Energiebedarf auf diese Nahrungsgrundlage angewiesen. Das Wattenmeer liegt im Epipelagial-Raum.
Das Schelfmeer (oder auch Küstenmeer genannt) reicht von der Küste bis ins offene Meer, an der die Tiefe bis zu 200m erreicht. Das sind durchschnittlich ca. 70-80 Kilometer. Bis zu dieser Tiefe erstreckt sich das sogenannte Litoral. Das Schelfmeer ist sehr flach und ist nur die Fortsetzung der Kontinente unter Wasser. Es bildet die Grundlage für das Nahrungsnetz um das Phytoplankton herum. Das Phytoplankton kann nur in der oberen, von Licht durchfluteten Schicht leben, diese wird euphotische Zone genannt. Sie reicht bis 100m Tiefe.
Die Tiefsee hat das Merkmal des Pelagials, des freien Wassers. Lebewesen sind dort vollständig von der Biomasse, die aus der euphotischen Zone stammt, abhängig. So nimmt Zooplankton das abgestorbene Phytoplankton auf und dient dann als Nahrung für kleinere Fische. Diese dienen größeren Raubfischen als Beute. Raubfische haben viele körperliche Besonderheiten, zum Beispiel einen vergrößerten oder einen sehr dehnbaren Mund. Somit können sie auch größere Fische ohne Probleme fressen, um dann längere Zeit im nahrungsarmen Bereich ohne Nahrung auskommen zu können. Um Beute anzulocken, haben Raubfische Lockorgane, die zum Beispiel leuchten.
Das Abyssal bildet durch seine Eigenschaften Extrembedingungen zum Leben. So herrschen dort völlige Dunkelheit, ein hoher Wasserdruck und niedrige Temperaturen. An manchen Orten ist der Tiefseeboden sogar vulkanisch aktiv, so kommt das Wasser mit heißem Gestein und Schwefelwasserstoff in Kontakt. Dieser wird von chemoautotrophen Bakterien oxidiert. Die chemoautotrophen Chemoautotrophe Lebewesen beziehen ihren Energiebedarf für ihren Stoffwechsel aus chemischen Reaktionen von Stoffen, die sie aus ihrer Umwelt aufnehmen. Bakterien bilden dann eine einmalige Nahrungsgrundlage für zum Beispiel Würmer, Krabben und Mollusken.
Mangroven sind verholzende Salzpflanzen, die ungefähr 50 bis 55 verschieden Arten umfassen. Man findet sie vor allem in der Gezeitenzone der Subtropen und der Tropen. Vergleichen lassen sich die Mangroven mit dem Wattenmeer in der Nordsee, jedoch ist dieser Lebensraum noch artenreicher durch das Vorhandensein von Bäumen. Mangroven haben sich den Gezeiten angepasst, indem sie ein weit ausgedehntes Wurzelwerk ausbilden. Die Wurzeln halten das Sediment, wodurch sich viele Nährstoffe ansammeln. Diese bieten somit einen perfekten Lebensraum für Land- und Meeresorganismen. Denn durch das dichte Wurzelwerk, sind diese vor Erosionen geschützt.
Die tropischen Korallenriffe sind die größten Bauwerke der Erde und sind somit einer der artenreichsten Lebensräume. Sie werden von den kalkhaltigen Skeletten der Steinkorallen gebildet, jedoch haben zahlreiche andere Organsimen wie Algen, Foraminiferen und Bryozoen die Hauptmasse an Kalk über Jahrtausende hinweg hinzugefügt. Zu den vier Typen zählen: Saumriff, Barriereriff, Plattformriff und Atolle. Der vielfältige Lebensraum bietet vielen Tieren eine ökologische Nische. Besonders auffällig im Riff ist neben den vielen Korallen die große und bunte Vielfalt an Fischen.
Der offene Ozean ist ein oligotropher Lebensraum In einem oligotropher Lebensraum gibt es nur sehr wenige Nährstoffe. . Grund dafür ist ein geringe Phosphat- und Stickstoffzufuhr. Dies führt dazu, dass das Phytoplankton nur sehr langsam wächst. Durch Wasserwirbel oder tropische Stürme wird kaltes, nährstoffreiches Tiefseewasser hochgetrieben und das Phytoplankton vermehrt sich kurzzeitig explosionsartig. Dieses Tiefseewasser kann auch durch Unterwasserberge oder Unterwassergebirge hochgetrieben werden. Denn durch diese Erhöhungen, die bis zur Wasseroberfläche reichen, werden die Strömungen umgeleitet. Somit kann auch im offenen Meer ein nährstoffreiches Gebiet entstehen, dies ist jedoch eher selten.
Der Arktische Ozean und das Südpolarmeer sind überwiegend mit Eisschichten bedeckt. Die Eisschichten bieten einen Lebensraum für z.B. Eisbären oder Robben. Unter der Eisschicht leben viele Fischarten. Auf dem Meeresboden gibt es viel Nahrung für die Organismen, die sich von herabfallenden Material, z.B. abgestorbenen Tieren, ernähren.